L'antico frantoio, di proprietà della famiglia Nova, ha origini molto lontane. Viene fatto costruire intorno al 1500 dalla stessa famiglia, in quanto proprietari di molti ettari di oliveti, all'interno di una grotta appositamente scavata per contenerlo. Inizialmente, il frantoio era composto da una macina in pietra locale mossa da un asino o da un mulo, e da due presse in legno locale mosse manualmente attraverso l'uso di un monaco (asse in legno a forma di cilindrica mosso da quattro uomini), il quale attraverso una corda robustissima era collegato ad un asse in ferro che permetteva di far girare le presse che a loro volta schiacciavano i sacchi di tela contenenti le olive macinate e provocando, così, la fuoriuscita dell'olio. Con il passare degli anni il frantoio venne utilizzato anche ad uso pubblico e quindi si rese necessario installare altre due presse per potenziare la quantità di olive da macinare.

L'antico frantoio è rimasto in attivo fino al 1927. Unico del suo genere in S. Agata di Puglia, è ancora oggi perfettamente funzionante.La Pro Loco di S. Agata di Puglia, nel 1993, lo ha reso agibile e visitabile.Dal 1993, grazie alla disponibilità della Famiglia Nova, il frantoio è stato più volte aperto al pubblico.