La storia del Castello di Sant'Agata, che per lo più riflette anche quella del paese, è legata principalmente alla natura del luogo che lo ospita, quale ottimo osservatorio e punto strategico, dominante la valle del Calaggio, i confini dell'Irpinia, della Lucania e della Daunia, e posto proprio allo sbocco dei valichi campani verso la Puglia (confini di dominio Longobardo- Bizantino).
Il territorio è stato attraversato da una vasta viabilità romana ed ha avuto una notevole presenza monastica, come è testimoniato da monumenti e vestigia.
Il Castello,Castrum o Rocca, era denominato nel periodo romano Artemisium, forse per il fatto che in vetta al monte vi fosse un tempio pagano.  
Con l'avvento del Cristianesimo, e precisamente quando nel 592 per volontà del Papa Gregorio Magno furono trasportate le reliquie della Martire S.Agata da Catania a Roma, l'Artemisium fu battezzato S.Agata in onore della Santa. La Rocca di Sant'Agata ha ricoperto nel medioevo la funzione importantissima di provincia o distretto militare - amministrativo, avendo il comando di una circoscrizione composta da un determinato numero di paesi. Questo distretto con i Longobardi era denominato Gastaldato, al comando di questo vi era il Gastaldo, che nell'anno 997 risulta essere un tale Marino.
Durante la dominazione longobarda Sant'Agata fu l'ultimo avamposto del Ducato di Benevento.
Verso il mille ne erano padroni Landolfo e Pandolfo, principi beneventani.
La tradizione orale santagatese ha tramandato la leggenda del valoroso condottiero Capitano Agatone, Signore di Sant'Agata, abile e astuto nelle sue imprese, rigido nel far rispettare le leggi, trovò la morte per mano del suo barbiere che non accettò che fosse applicato nei confronti della sua sposa la "ius primae noctìs".I Marchesi Loffredo fecero dipingere un ritratto di Agatone, tutt'ora esistente, sotto la volta dell'atrio di accesso al cortile del Castello, in un ovale delimitato da una fascia su cui è scritto: "Agatho dux arcis Sanctae Agathae - mori potius quam foedari".
Nella seconda metà dell'anno Mille la Rocca era in mano ai Normanni. Abagelardo, nipote del Duca Roberto il Guiscardo, con suo cognato Gradelone, tentò di sollevare contro il Duca molte città della Puglia e in questa azione si fortificò in Rocca Sant'Agata. Roberto il Guiscardo per porre fine a questa insurrezione mosse alla cattura di Abagelardo assediando la Rocca che si arrese nel 1079. Nel 1086 era padrone della Rocca il Duca Ruggiero d'Altavilla figlio di Roberto il Guiscardo al quale seguirono i consanguinei Brittone, Rainolfo, suo figlio Ioele e Riccardo figlio di quest'ultimo, i quali saranno padroni della Rocca fino al 1133 anno in cui il Re normanno Ruggiero II -  primo Re di Sicilia che governava su tutto il regno dell'Italia meridionale - come ci ha tramandato un cronista dell'epoca: volle e ricevette da Riccardo, la fortezza di Sant'Agata, per il fatto che, posto su inaccessibile monte, dominava quasi tutta la Puglia, che egli di là poteva difendere in grandissima parte.
Nel periodo della dominazione normanna la provincia militare era denominata "Comestabulia" ed a capo vi era il Contestabile. Dal 1150 e probabilmente fino al 1163 fu Contestabile Garmondo. In questo periodo gli ufficiali che presidiavano il comando militare
Nel 1153 risulta "magister castelli sancte agathes" Guglielmo De Marri, accanto al quale vi sono i milites con il catapano Pietro Maledetto prima e Gualeramo poi. Risultano poi Contestabili Leadasio e Carlo De Anzano. Costui era a servizio di Ruggiero Conte di Andria, il quale parteggiava per Costanza d'Altavilla e cospirò contro Tancredi sollevando le città di Puglia, conquistando Corneto, fortificando Sant'Agata e ritirandosi in Ascoli ove trovò la morte nel 1170.
Dopo Ruggiero fu padrone di Sant'Agata suo figlio Roberto il Calagio il quale subì la sconfitta da parte di Tancredi al quale dovette arrendersi dopo tre anni, quella fu l'unica volta che Sant'Agata venne presa con la forza delle armi. Il Castello, oltre che presidio reale, fu anche buon rifugio e come tale fu usato dal Conte Diopoldo, Duca di Spoleto, (tutore del piccolo Federico II, il futuro imperatore), il quale rifugiatosi nella Rocca per sfuggire a Gualtieri di Brienne, fu fatto prigioniero dal castellano che lo liberò dietro il pagamento di una forte somma.
Durante la dominazione sveva, la provincia militare di Sant'Agata era denominata "Castellania". L'Imperatore Federico II emanò due mandati con i quali obbligava tutti i paesi appartenenti alla Castellania di Rocca Sant'Agata a riparare il castello. Il primo mandato del 1239 così recita: "E' stato assodato tramite un'inchiesta che è stata eseguita, che i seguenti paesi del Giustizierato della Terra Beneventana, sono tenuti e debbono riparare il castello di Rocca Sant'Agata in Capitanata, cioè gli uomini di Gesualdo, di Frigento, di Mirabella, Paternopoli, S.Mango, Trevico, Vallata, Flumeri, Villanova del Battista, Zuncoli, Bisaccia, Lacedonia, Rocchetta, Monte Verde, Aquilonia, Morra, Castelbaronia, Savignano e Greci". Se nella prima inchiesta i paesi appartengono al Giustizierato della Terra Beneventana, nella seconda si apprende che il distretto si allarga e comprende anche alcuni paesi della Capitanata, infatti i capitoli del secondo mandato, del 1250, sono due: par.99: IL Castello di S.Agata può essere riparato dagli uomini dello stesso paese con  il Casale di S.Antuono, Ascoli,Candela, S.Stefano in Iuncarico e S.Pietro in Olivola, le quali terre debbono anche prestare una determinata obbligazione ogni anno nel predetto castello."par.90 "Il Castello di Rocca S.Agata deve essere riparato dagli uomini di Gesualdo, Frigento, Mirabella,Paternapoli,S.Mango,Trevico, Vallata,   Flumeri,   Villanova del Battista,   Zungoli,   Bisaccia,  Lacedonia,   Rocchetta  S.Antonio,
Monteverde, Aquilonia, Morra,Castelbaronia, Savignano e Greci e dagli uomini di Rocca S.Agata."
Con Federico II si ha modo di comprendere la vera importanza che ha ricoperto il Castello.
Infatti il 5 ottobre  del  1239  l'Imperatore  trovandosi a  Milano,  tramite  il suo segretario Pier delle
Vigne, inviò ai provvisori regionali dei suoi castelli privati un mandato.  Si tratta in breve di questo: i provvisori avevano pieni poteri di sostituire con nuovi castellani quelli che dalle loro improvvise ispezioni risultassero o poco fedeli o poco solleciti nei loro doveri di cura dei castelli. Secondo questo mandato per una quarantina di castelli ? su 242 - l'Imperatore aveva deciso di provvedervi di persona nella scelta e nella nomina dei castellani. Si tratta dei cosiddetti 'castra exempta', castelli eccettuati, di primaria importanza, sia come fortezza del Regno, sia come dimore residenziali preferite dall'Imperatore. In Capitanata i castelli preferiti erano soltanto due: quello di Rocca Sant'Agata e quello di Monte S.Angelo.
Alla dominazione sveva succedette quella angioina, durante la quale il nostro Castello conserva ancora la sua funzione di provincia militare?amministrativa. Ancora una volta, in seguito alle continue guerre, la Rocca deve essere riparata ed il  Re Carlo I d'Angiò provvede a far  realizzare i
lavori di riparazione  tramite il  Giustiziere di Capitanata.  La  documentazione va  dal 1274 al 1279
ed il mandato Reale del 1279 riporta il lungo elenco dei paesi obbligati alla riparazione, il quale corrisponde a quello già stabilito da Federico II. Il Re aveva una sua abitazione privata nel Castello e nel 1269?70 aveva fatto ornare la Cappella interna dedicata a S.Agata, e vi aveva fatto collocare tre artistiche lonze, oggi inesistenti.
Da vari documenti apprendiamo come era organizzata l'amministrazione del Castello sotto il Re Carlo I d'Angiò:
- Negli anni 1269?70 troviamo due Castellani: Simon de Fontana e Guillelmus Marmorellis.
- Dal 1265 al 1271 il Castello risulta custodito da 35 servi.
- Il Castello era anche prigione.
- Nel 1272 i servi sono 20.
- Nel 1273 la Castellania è affidata a Giovanni di S.Stefano.
- Il 1° gennaio del 1295 Re Carlo nomina Castellano di Rocca Sant'Agata il milite Guglielmo Lande;  sei giorni dopo il Re muore a Foggia.
- A Carlo I succede suo figlio Re Carlo II.

Nel 1294 il Castello è ancora regio e ne è Signore Goffredo de Jonville; nel 1296 Carlo II d'Angiò ordina alle Terre del fu Goffredo di obbedire a suo fratello Giovanni.
Nel 1304 era Signora di Sant'Agata Filippa Belmonte.
Nel 1396 nel Castello si svolse un avvenimento di particolare importanza. Il Vicerè vi convocò un parlamento per il bene pubblico al quale parteciparono tutti i baroni che avevano seguito la fazione angioina e, seguendo l'esempio di Napoli che aveva creato gi Otto del Buono Stato, furono eletti in quel parlamento sei deputati per il Buono Stato del Regno.
Il 10 giugno del 1419 la Regina Giovanna II d'Angiò diede per la Castellania di Sant'Agata 100 ducati al grande Camerario del Regno di Sicilia Pandolfello Piscopo, quindi a quella data il Castello risulta essere ancora regio.
Il territorio di Sant'Agata era stato infeudato agli Jonville, dai quali, non si sa come, passo' ad Andreis de Perretto, la cui vedova, contessa di Troia, lo trasmise a Francesco Orsini, che ella sposò in seconde nozze.
Dopo la morte del re angioino Roberto, Carlo Artus era Conte di Sant'Agata. Dopo l'eccidio della Casa Artus la Contea passò a Bartolomeo Tomacelli.
Il regno angioino durò 172 anni al quale seguì il regno aragonese.
Sotto Alfonso d'Aragona il Castello è in potere della Casa Orsini che possedette l'alta Signoria di Sant'Agata per molti anni.
Sopra una lapide che stava sul primo portone del castello si leggeva: "Iacabus de Ursinis dux Gravinàe, Campaniae abcomes A.D.MCCCCLXXIV."
Il   padre   di   detto   Giacomo,   il    Duca   Francesco   Orsini   eresse,   nel  1443   il        CONVENTO DELL'ANNUNZIATA (S.ANTONIO) per i  Frati  Minori  Francescani,  su  terreni e altri  locali  di  sua proprietà là dove vi era la CHIESA DELL'ANNUNZIATA che fu inserita  nel  complesso  conventuale e adattata alla nuova funzione cui fu destinata. Oggi il complesso francescano e' ancora attivo con i suoi frati.
Con gli Orsini il Castello era ancora forte se un ispettore spagnolo stendeva questa preziosa relazione: "Sancta Agatha in Capitanata. Esta' situada en un altissimo monte con suos muros, un castillo fuerte en cima de la ciutad." Ed infatti nel 1557 il Castello è ancora coinvolto in azioni belliche, per volontà del Duca d'Alba, Vicerè di Napoli, il quale supponendo che un esercito potesse invadere il regno, ordina a D.Garcia di Toledo di fortificare, oltre Venosa ed Ariano, anche S.Agata.
Con gli Orsini il Castello subì le prime modifiche divenendo residenza ducale, poi con i Loffredo perdette man mano le sue antiche strutture e divenne residenza marchesale.
I Loffredo, "famiglia ricca di sangue, di antenati e di pubblici uffici", entrarono nelle pertinenze di Sant'Agata sin dal 1526 quando Cicco Loffredo, Marchese di Trevico e di altri territori, ebbe in enfiteusi il distrutto casale di S.Pietro in Olivola con tutto il territorio. Poi acquisirono anche il Casale di S.Maria d'Olivola. Così, con la loro politica di espansione, miravano a divenire Signori di Sant' Agata e vi riuscirono. Infatti nel 1576 D.Carlo Loffredo comprò dagli Orsini per 36.000 ducati  la Signoria di Sant'Agata.
Questa famiglia si distinse per le opere pie e religiose, tra l'altro si adoperò per l'edificazione del CONVENTO DI S.CARLO dell'Ordine Francescano dei Riformati. Nel 1613 l'edificio era già compiuto. Nel Convento nell'anno 1664 fu istituito un lanificio per i Frati della Provincia e una scuola di filosofia e teologia. Fu abbattuto negli anni 60 per realizzare l'attuale campo sportivo. In questo luogo si svolgeva LA CAVALCATA DI SAN LORENZO.
Dalla Cronaca dell'Agnelli si apprende che: "la mattina del 10 agosto, giorno devoto e solenne per S.Agata, tutta la gioventù che aveano i cavalli, ordinata e preceduta dal Sindaco si raccoglieva dietro S.Carlo, percio' quel luogo detto S.Lorenzo, ed abbinata movea al Convento. Là assistito alla messa e presentata da un mazzolin di fiori dal Guardiano dei frati, galoppava pel paese entrandovi per la Porta Nuova; e per la piazza conveniva al castello, in cui il Marchese, o un suo agente la riceveva lietamente e compliva. Con i Marchesi Loffredo è documentata presso il Castello una certa attività teatrale. Le rappresentazioni che si svolgevano nella grande sala nord un tempo destinata ai convegni signorili avvenivano varie volte durante l'anno. Era quasi rituale la sera del 10 agosto, giorno festivo di San Lorenzo, nel quale veniva molta gente dalle vicinanze. Gli attori erano del paese e tutti di sesso maschile che recitavano anche le parti femminili. Dopo il teatro signorile ne nacque nel 1840 un altro, più piccolo alla Piazza Vecchia con il contributo di 14 quattordici famiglie benestanti.
Il marchesato Loffredo durò circa tre secoli fino alla metà dell'800. Tutta l'eredità passò al Marchese di Monteforte Francesco di S.Felice il quale sposò l'ultima erede Maria Luisa che morì nel 1853.
L'amministrazione del Marchese passò nel palazzo De Caprio, e il Castello fino al 1840 fu abitato provvisoriamente da famiglie di passaggio. In seguito fu abbandonato.
Nel 1865 fu censito alla famiglia Del Buono.
Nell'agosto dell'anno 2000, l'Amministrazione Comunale guidata dal Sindaco dott. Vito Nicola CRISTIANO, acquista per £.1.600.000.000 il Castello di Sant'Agata di Puglia, facendolo diventare bene culturale pubblico

Il Borgo medievale nasce e si sviluppa a partire dal primitivo nucleo abitato costituito dal Castello e dalla Piazza Chiancato. L'impianto urbano è stato costruito tenendo conto della orografia del monte, al quale è stato addossato. La prima cinta murata, longobardo-normanna, poi restaurata dagli Svevi e dagli Angioini, è stata eretta a protezione del Castello. Poggia su falde rocciose e racchiudeva il Castello per tre lati. Presenta due torri circolari e una quadrata. Il borgo medievale è stato edificato sul versante sud orientale del monte, delimitato tra le due dorsali laterali e fortificato da strutture murarie, spesso coincidenti con quelle abitazioni, intervallate da bastioni o torri. Man mano che il borgo si espandeva, a partire dalla vetta ove sorge il Castello, verso valle, le mura di cinta precedenti venivano superate ed edificate quelle nuove. A valle il borgo medievale ha avuto la sua espansione fino alle mura fortificate della Porta Nuova.
Le prime porte furono:

• Portella Sant'Angelo, verso la Campania
• Porta Perillo, verso le Puglie
• Porta Nuova

Sempre sulle dorsali laterali furono aperte:

• Portella Sant'Andrea
• Portella San Nicola
• Portella La Salvia

Il borgo conserva un prezioso patrimonio scultoreo realizzato dai mastri scalpellini santagatesi, è il cosiddetto: "Parco Urbano delle Opere in Pietra 

AGATONE: La figura di "Chèpe re Ahatòne (Capitano Agatone) vive tra storia e leggenda. Agatone, vissuto nella seconda metà del duecento, fu signore di Sant'Agata nella cui Rocca egli aveva preso la sua dimora. In quel tempo, il paese era un centro fiorente per l'agricoltura già avanzata, per l'artigianato e per i commerci del grano, dell'olio, della lana e del vino. La Signoria aveva tutti i caratteri del feudo.Agatone seppe concentrare nelle sue mani tanto dominio e tanta autorità, più che per investitura della suprema Autorità, per la sua prepotenza, per la sete di potere e per la proverbiale astuzia..... per quanto prepotente e ambizioso, fu tuttavia il capitano che diede effettivamente a Sant'Agata un potere straordinario, uno sviluppo sociale non indifferente e una supremazia su tutti i paesi della zona."Agatone, che aveva dato grande impulso all'agricoltura, efficiente sistema amministrativo e giudiziario, ed aveva messo ordine nelle contrade di suo comando e possesso, non fece una morte degna della sua grandezza.Documenti storici riferiscono che egli cadde per mano del suo barbiere che lo sgozzò con il rasoio mentre lo radeva. Il barbiere doveva convolare a giuste nozze con una bella ed avvenente pulzella santagatese, la quale, per effetto della legge che stabiliva, a favore del capitano Agatone, lo jus primae noctis (il diritto della prima notte), doveva immancabilmente cadere sotto le grinfie del Capitano. Il barbiere, approfittando della confidenza con il suo padrone, al quale egli faceva anche da cerusico, da dentista ecc. ecc. scongiurò Agatone di risparmiare la sua fidanzata, derogando alla regola. Agatone, che assaporava già il frutto acerbo e si leccava i baffi, (aveva baffi da vichingo), oppose un netto rifiuto. Il barbiere al colmo della disperazione, trovò la forza di tagliargli la gola e fuggire. Così morì Agatone, uomo ambizioso, violento, prepotente, capitano benemerito del quale i santagatesi, per secoli e fino ad oggi lo hanno ricordato e lo ricordano attraverso la tradizione orale.

 Tratto da Archivio Storico Comune di Sant'Agata di Puglia