Edificata sul lato ovest del paese, è la Chiesa più vicìna alla vetta del monte e al Castello. Era inserita nel sistema difensivo murale urbano. 
La Chiesa di S.Andrea ubicata in Via Portella S.Andrea è ritenuta la più antica di S.Agata di Puglia. Sorse infatti intorno al secolo XVII. Sul frontone d'ingresso vi era la data 1537. 
Nel 1542 la Chiesa fu ricostruita a una quota più alta rispetto a quella preesistente in seguito a uno slittamento del terreno.
Nel 1698 fu consacrata. Oggi essa è la terza parrocchia del paese dopo quella di S.Nicola e dì S.Michele Arcangelo. 
La costruzione. che ha una pianta poligonale, presenta due navate: centrale e quella di sinistra, realizzata nel 1872. Presenta volte a botte lunettate. Ha la facciata principale a capanna, è dotata di abside circolare ubicata alle spalle dell'altare maggiore nella navata centrale (su cui è stata addossata una costruzione), e possiede una torre campanaria, inserita nel prospetto della facciata principale. Il tipo di fabbrica è composto da pietrame misto e conci di pietra irre­golari. La torre campanaria è a due ordini e a tre luci. E' realizzata con fabbrica di pietrame misto. In seguito a interventì eseguiti dopo lo smottamento del terreno si è dovuto tamponare la prima luce del campanile che con fi suo volume, invade la maestosità della facciata principale soprattutto verso il lato sinistro. Comunque la torre campanaria per le caratteristiche architettoniche può essere datata all'epoca normanna. La costruzìone copre un'area pari a 729,13 metri quadrati circa. 

Nel 1945 fu dipinta a tempera la volta della navata centrale dal pittore Enzo Liberti. Oltre alle attuali opere d'arte, nella navata centrale della Chiesa erano collocati due dipinti, di cui quello al lato destro presentava la seguente raffigurazione la Madonna con il Bambino (con due Angelì che reggono la Corona. Dalla predella emergono gli Apostoli S.Andrea e S.Pietro).

Al lato sinistro. collocato di fronte all'altro: raffigurava la Madon ­na del Carmine. 

CROCIFISSO LIGNEO CON SCULTURA LIGNEA DEL CRISTO 
E' collocato nella navata sinistra sull'altare principale, è datato al secolo XVII. (Sono documentate le date MCLXXVI ai piedi dell'ex altrare e 1682 sotto il Crocifisso). Misure: cm. 260 x 177 circa. 
Autore ignoto. 
Il Cristo è raffigurato in atteggiamento malinconico ma allo stesso tempo tutta la scultura suscita in chi l'ammira una certa intensità di emozioni. Gli occhi socchiusi,, la bocca semi aperta, ì capelli sconvolti. la perfetta anatomia muscolare riscontrabile soprattutto negli arti, trascinano verso ideali mistici. Realistiche le ferite del martirio grazie alla giusta tonalità del colore del sangue che da esse fuoriesce. 

Sul capo del Cristo è collocato un cartiglio recante una scritta. Lo stato di conservazione è buono.
CORO 
E' collocato nell'abside della navata centrale. Materia: legno di noce. 
Misure: stallo superiore prof. cm. 40, larg. cm. 72, schienale cm. 85 x 58; stallo inferiore prof. cm. 29, larg. cm. 48, schienale cm. 66 x 52. 
Risale al secolo XV. 
Autore ignoto. 
Il coro ha disposizione curvilinea e la sua forma ficorda la cavea degli antichi teatri classicì, si articola su due file una superìore e una inferiore. 
E' costituito da 24 stalli: 12 distribuiti nella fila superiore e interrotti in zona centrale da uno spazio. La fila superiore mostra maggiori pregi artistici ripetto a quella inferiore. Gli schienali infatti sono decorati da cornici concentriche. mentre i relativi pannelli collocati sui suddettì schienali sono ornati da cornici loba­te. Ogni braccìolo degli stalli superiori presenta una scultura ri­producente un volto umano contornato da numerose volute e foglie. Tra un pannello e l'altro spiccano lesene lisce sormontate da capi­tellì in legno dorato costituiti da volute, foglie e roselle. La fila inferiore del coro presenta pochi caratteri ornamentali e il legno è di natura diversa rispetto a quello della fila superiore. Il coro poggia su un alto basamento ligneo. 
Lo stato di conservazione è cattivo. sul legno sì alternano strati di polvere, strati di pessima verniciatura, tarlature.